Le parc national marin des récifs de Cozumel protège 11 987 hectares du système récifal mésoaméricain, la deuxième plus longue barrière de corail au monde après la Grande Barrière de corail en Australie. Établi en tant que réserve fédérale en 1996, le parc s'étend le long de 32 kilomètres de la côte ouest et sud de Cozumel, englobant trois formations récifales distinctes — Palancar, Colombia et Paradise — chacune descendant de jardins de corail peu profonds à cinq mètres jusqu'à des murs spectaculaires dépassant 40 mètres. Les frais de conservation de 225 MXN par personne et par jour financent des stations de surveillance des récifs exploitées par la CONANP, la Commission nationale des zones naturelles protégées du Mexique, et soutiennent les programmes de nidification des tortues du parc. La visibilité sous-marine moyenne est de 30 à 50 mètres toute l'année, une fonction du courant du Yucatán qui balaie le nord depuis le bassin des Caraïbes à des vitesses atteignant deux nœuds. Ce même courant apporte une eau riche en nutriments qui soutient plus de 500 espèces de poissons documentées, 65 espèces de coraux pierreux et des populations résidentes de tortues caouannes et imbriquées. Le récif de Palancar s'étend seul sur sept kilomètres et présente des cavernes à traverser creusées par des millénaires d'action des vagues dans la plate-forme corallienne fossilisée. Le récif de Colombia, la formation la plus au sud du parc, accueille des stations de nettoyage où les murènes vertes et les mérous de Nassau font la queue pour le service des labres nettoyeurs et des crevettes pédonculées. Les opérateurs d'excursions de snorkeling à Cozumel partent de la Southern Coastal Highway entre le kilomètre six et Punta Chiqueros, le couloir d'accès désigné du parc. Le créneau opérationnel de 06:00 à 22:00 s'adapte aux variations des marées, bien que le créneau d'arrivée matinal entre 06:00 et 10:00 offre des conditions optimales — les vents alizés d'est restent calmes jusqu'en fin de matinée, et les navettes de croisière n'atteignent les zones récifales qu'après 11:00. La température de l'eau reste stable entre 26 et 28 degrés Celsius, ne nécessitant qu'un haut anti-UV pour la protection thermique. Le parc interdit les écrans solaires contenant de l'oxybenzone et de l'octinoxate, des composés dont il a été prouvé qu'ils déclenchent le blanchiment du corail à des concentrations aussi faibles que 62 parties par billion. Les enregistrements du système récifal de Cozumel remontent au chroniqueur espagnol Juan Díaz, qui accompagna l'expédition de Juan de Grijalva en 1518 et nota des "eaux si claires qu'on pouvait compter les pierres sur le fond à dix brasses". Cette clarté persiste aujourd'hui, maintenue par l'absence de décharge fluviale sur l'île et la position du récif dans les Caraïbes ouvertes, loin des panaches de sédiments qui troublent les côtes continentales.