Il Parco Nazionale Marino barriere coralline di Cozumel protegge 11.987 ettari del Sistema della Barriera Corallina Mesoamericana, la seconda barriera corallina più lunga al mondo dopo la Grande Barriera Corallina australiana. Istituito come riserva federale nel 1996, il parco si estende lungo 32 chilometri della costa occidentale e meridionale di Cozumel, comprendendo tre distinte formazioni coralline — Palancar, Colombia e Paradise — ognuna delle quali scende da giardini corallini poco profondi a cinque metri fino a pareti spettacolari che superano i 40 metri. La tassa di conservazione di 225 MXN a persona, al giorno, finanzia le stazioni di monitoraggio della barriera corallina gestite dalla CONANP, la Commissione Nazionale Messicana delle Aree Naturali Protette, e sostiene i programmi di nidificazione delle tartarughe del parco. La visibilità sottomarina è in media di 30-50 metri tutto l'anno, una funzione della Corrente dello Yucatán che spazza verso nord dal Bacino dei Caraibi a velocità che raggiungono i due nodi. Questa stessa corrente fornisce acqua ricca di nutrienti che sostiene oltre 500 specie ittiche documentate, 65 specie di coralli duri e popolazioni residenti di tartarughe marine caretta e embricata. La sola barriera corallina di Palancar si estende per sette chilometri e presenta grotte passanti scavate da millenni di moto ondoso nella piattaforma corallina fossilizzata. La barriera corallina Colombia, la formazione più meridionale del parco, ospita stazioni di pulizia dove le murene verdi e le cernie di Nassau si mettono in fila per ricevere assistenza dai labridi pulitori e dai gamberetti pulitori. Gli operatori del tour di snorkeling a Cozumel partono dalla Southern Coastal Highway tra il chilometro sei e Punta Chiqueros, il corridoio di accesso designato del parco. La finestra operativa dalle 06:00 alle 22:00 si adatta alle variazioni di marea, sebbene la finestra di arrivo mattutina tra le 06:00 e le 10:00 offra condizioni ottimali: i venti alisei orientali rimangono calmi fino a tarda mattinata e le navette delle navi da crociera non raggiungono le zone della barriera corallina prima delle 11:00. La temperatura dell'acqua rimane costante tra i 26 e i 28 gradi Celsius, richiedendo solo una maglia a protezione solare per la protezione termica. Il parco proibisce creme solari contenenti ossibenzone e ottinoxato, composti che hanno dimostrato di innescare lo sbiancamento dei coralli a concentrazioni minime di 62 parti per trilione. I documenti sul sistema corallino di Cozumel risalgono al cronista spagnolo Juan Díaz, che accompagnò la spedizione di Juan de Grijalva nel 1518 e annotò: "acque così limpide che si potevano contare le pietre sul fondo a dieci braccia". Tale chiarezza persiste ancora oggi, mantenuta dalla mancanza di scarichi fluviali dell'isola e dalla posizione della barriera corallina nei Caraibi aperti, lontano dai pennacchi di sedimenti che offuscano le coste continentali.