Der Nationale Meerespark Cozumel-Riffe schützt 11.987 Hektar des mesoamerikanischen Barriereriff-Systems, des zweitlängsten Korallenbarriere-Systems der Welt nach dem Great Barrier Reef in Australien. Der 1996 als föderales Schutzgebiet eingerichtete Park erstreckt sich über 32 Kilometer entlang der westlichen und südlichen Küste von Cozumel und umfasst drei verschiedene Riffformationen – Palancar, Colombia und Paradise –, die jeweils von flachen Korallengärten in fünf Metern Tiefe bis zu dramatischen Steilwänden in über 40 Metern Tiefe abfallen. Die Naturschutzgebühr von 225 MXN pro Person und Tag finanziert die Riff-Überwachungsstationen, die von der CONANP (Mexikos Nationale Kommission für geschützte Naturgebiete) betrieben werden, und unterstützt die Schildkröten-Nistprogramme des Parks. Die Sichtweite beträgt ganzjährig durchschnittlich 30 bis 50 Meter, eine Folge der Yucatán-Strömung, die mit Geschwindigkeiten von bis zu zwei Knoten aus dem Karibischen Becken nach Norden strömt. Dieselbe Strömung bringt nährstoffreiches Wasser, das über 500 dokumentierte Fischarten, 65 Steinkorallenarten sowie ansässige Bestände von Unechten Karettschildkröten und Echten Karettschildkröten ernährt. Das Palancar-Riff allein erstreckt sich über sieben Kilometer und bietet durchschwimmbare Höhlen, die über Jahrtausende durch Wellenschlag in die fossile Korallenplattform geformt wurden. Das Colombia-Riff, die südlichste Formation des Parks, beherbergt Putzerstationen, an denen sich Grüne Muränen und Nassau-Zackenbarsche für einen Service von Putzerlippfischen und Pederson-Putzergarnelen anstellen. Anbieter von Schnorcheltouren auf Cozumel starten vom Southern Coastal Highway zwischen Kilometer sechs und Punta Chiqueros, dem ausgewiesenen Zugangskorridor des Parks. Das Betriebsfenster von 06:00 bis 22:00 Uhr berücksichtigt Gezeitenschwankungen, wobei das morgendliche Zeitfenster zwischen 06:00 und 10:00 Uhr optimale Bedingungen bietet – die östlichen Passatwinde bleiben bis zum späten Vormittag ruhig und Kreuzfahrtschiff-Tender erreichen die Riffzonen erst nach 11:00 Uhr. Die Wassertemperatur bleibt konstant bei 26 bis 28 Grad Celsius, sodass nur ein Rashguard als Wärmeschutz erforderlich ist. Der Park verbietet Sonnencremes, die Oxybenzon und Octinoxat enthalten – Stoffe, bei denen nachgewiesen wurde, dass sie bereits bei Konzentrationen von nur 62 Teilen pro Billion die Korallenbleiche auslösen. Die Aufzeichnungen über das Riffsystem von Cozumel reichen bis zum spanischen Chronisten Juan Díaz zurück, der Juan de Grijalvas Expedition von 1518 begleitete und feststellte: "Wasser so klar, dass man bei zehn Faden die Steine auf dem Grund zählen konnte." Diese Klarheit besteht auch heute noch, begünstigt durch das Fehlen von Flusseinleitungen auf der Insel und die Lage des Riffs im offenen Karibischen Meer, weit entfernt von Sedimentfahnen, die kontinentale Küsten trüben.